近年来，南京大学通过国家“211”和“985”工程的建设，研究生教育取得了长足发展，目前在校博、硕士研究生已达8547人，先后有15篇学位论文入选全国百篇优秀把博士学位论文。为了进一步提高研究生的培养质量，增强研究生的创新能力，我校拟建立“南京大学研究生创新实践基地”。整个创新实践基地将分布进行，第一期计划在物理学、化学和地质学等三个学科进行，在取得经验以后进入第二期建设。

第一期建立了物理学研究生创新中心、化学研究生创新中心、地质学研究生创新中心。三个中心分别依托于物理系、化学化工学院和地球科学系。物理学、化学、地质学三个学科均为国家“基础学科研究和人才培养基地”及以一级学科博士学位授权培养单位。师资力量雄厚，研究生教育成绩显著。具备建立研究生创新中心的良好条件。

物理学系是全国首批被批准设立的硕士点、博士点和博士后科研流动站。拥有物理学一级学科博士学位授予权和“物理学”和“电子科学和技术”两个博士后科研流动站，涵盖“理论物理”、“凝聚态物理”、“粒子物理与原子核物理”、“光学”、“原子与分子物理”、“纳米科学”、“生物物理和软凝聚态物理”、“微电子学与固体电子学”、“物理电子学”以及“光通讯工程”等研究生培养专业。有6篇论文获全国优秀 博士学位论文。理论物理和凝聚态物理博士点在1992年全国博士点评估中名列高校第一。

化学化工学院是全国首批被批准的一级学科博士学位授予权点，拥有无机化学、分析化学、物理化学和高分子化学和物理4个国家重点学科、5个二级学科博士点，建有配位化学国家重点实验室和介观化学教育部重点实验室，在首次全国一级学科的评估中，名列全国第二。南大化院近两年在SCI上发表的论文每年都超过了300篇。在美国科学情报所2003年对世界化学类单位10年来发表科技论文的统计报告中，南京大学化学学科位列全球第35位（2002年全球排名第41），在全国化学类院所中名列第一，也是我国十年来科技论文排名唯一进入全球100强的院所。南京大学化学基地是全国首批“全国理科化学基础科学研究和人才培养基地”。1999年教育部对全国近100个“国家人才培养基地”进行评审，南京大学化学基地以全优成绩名列前茅。

　　地球科学系设有9个硕士点和9个博士点，拥有2个国家重点学科、1个省重点学科和1个国家重点实验室。1978年全国恢复研究生招生以来，人才培养的数量和质量在全国均名列前茅，曾经为我国培养了第一位构造地质专业和矿床学专业的博士，有5名博士荣获1991年国务院表彰的“有突出贡献的中国博士硕士学位获得者“。地球科学系教学科研力量雄厚，成果丰硕。近10年来该系科研成果获省部级以上奖励达40多项。